Die Theologiestudenten, die sich auf dem Gebiet des heutigen Burgenlandes auf den Priesterberuf vorbereiteten, studierten ursprünglich auf der Theologischen Hochschule in Győr (Raab) in Ungarn. Seit der Gründung der Diözese Szombathely (Steinamanger) im Jahr 1777 gab es auch dort ein Priesterseminar, in dem dann die Priesterstudenten aus dem heutigen Südburgenland ihr Studium absolvierten. Daneben gab es auch in Wien ein Priesterseminar für Studenten aus dem Königreich Ungarn, von Peter Kardinal Pazmán gegründet, hauptsächlich für die Priesterausbildung Esztergom (Gran). In diesem „Pazmaneum“ studierten auch immer wieder einige Priesteramtskandidaten aus dem heutigen Burgenland.

1921

Seit der Entstehung des heutigen Burgenlandes 1921 studierten die Seminaristen der nun entstandenen Apostolischen Administration des Burgenlandes in der Regel im Priesterseminar der Erzdiözese Wien, da das neue Kirchengebiet vom Erzbischof von Wien verwaltet wurde. Dieses Haus in der Boltzmanngasse war neben dem Pazmaneum angesiedelt.

1933

Neben diesen beiden Institutionen gab es in der Habsburgergasse im Ersten Wiener Gemeindebezirk zur Zeit der Österreichisch-Ungarischen Monarchie ein überregionales Priesterseminar, „Frinateum“ oder „Augustineum“ genannt. Diese Eliteseminar war als Fortbildungsstätte für junge Priester aus der gesamten Monarchie gegründet worden. Hier war die Ausbildungsstätte für Professoren bzw. für etwaige Bischofskandidaten. 

Mit dem Zusammenbruch der Habsburgermonarchie stand dieses Haus in der Habsburgergasse 7 in Wien leer. Der damalige Erzbischof von Wien Theodor Kardinal Innitzer gründete in diesem Haus das sogenannte „Thomaskolleg“, das nun für Priester aus ganz Österreich offenstand. Da das Haus jedoch größere Kapazitäten bot wurde hier, ebenfalls von Kardinal Innitzer im Jahr 1933 das neu gegründete Burgenländische Priesterseminar beheimatet.

1933

Während der elf Jahre (1922-1933), in denen die Burgenländer das Wiener Seminar besuchten, gab es bei 64 Eintritten 16 Priesterweihen für das Burgenland. Im Oktober 1933 übersiedelten 47 Seminaristen in das „neue“ Seminar der Apostolischen Administration des Burgenlandes in die Habsburgergasse. Das Wiener Seminar in der Boltzmanngasse war damals überfüllt. Im Studienjahr 1934/35 gab es bereits 50 „Theologen“ im neuen Haus wie man die Theologiestudierenden nannte. 1939 brachte die Institution 12 Neupriester hervor.

1944

Nach der Beschlagnahme des Hauses durch die Nationalsozialisten und der 1941 erfolgten Einberufung der letzten burgenländischen Seminaristen zum Militärdienst überlebte die Institution – ständig von der plötzlichen Auflösung durch die Machthaber bedroht – durch Gäste, gewöhnliche „Soldatentheologen“ oft aus Deutschland stammend. Am 10. September 1944 wurde das Haus bei einem Bombenangriff schwer beschädigt. 

1945

Im Herbst 1945 begann das Seminarleben wieder mit 6 Seminaristen. Im Sommer 1946 gab es wieder drei Priesterweihen. Allmählich wuchs die Zahl der Seminaristen wieder bis zu einem Höchststand von 40 im Studienjahr 1959/60, die Zahl der Priesterweihen stieg wieder auf 7 bis 9 jährlich.

1968

Nach dem Jahr 1968 erfolgte die Klärung der Besitzverhältnisse am Gebäude: Ein Fünftel behielt die Erzdiözese Wien für das Thomaskolleg, vier Fünftel die Diözese Eisenstadt, die am 15. August 1960 aus dem Gebiet der Apostolischen Administratur Burgenland errichtet wurde. Eine zeitgemäße Instandsetzung des Gebäudes fand am 9. November 1966 mit der Einweihung der Kapelle zum hl. Josef und zum hl. Augustinus durch Diözesanbischof DDr. Stefan László ihren Abschluss.

2012

Im Jahr 2012 übersiedelten die Seminaristen des Burgenländischen Priesterseminars gemeinsam mit den Theologiestudenten aus St. Pölten in das Seminarhaus der Erzdiözese Wien in die Strudelhofgasse 7. Regens bis 2017 war Kan. Hubert Wieder. 

Von den 51 Seminaristen der drei Seminare stammten 2012 fünf aus dem Burgenländischen Priesterseminar.

2017

Ab 2017 werden die drei Priesterseminare durch eine gemeinsame Vorstehung (Regens, Subregenten, Spirituale) geleitet. Für die Diözese Eisenstadt ist Bischofsvikar P. Lorenz Voith CSsR Subregens und Bezugsperson für die Seminaristen. Mit Februar 2023 gehören 7 Seminaristen zum Burgenländischen Priesterseminar.